История
10 июня 2005 года в Патриарших Палатах Московского Кремля под председательством Патриарха Алексия II состоялось заседание Священного Синода Русской Православной Церкви, на котором обсуждались вопросы пастырской подготовки священнослужителей дальневосточных епархий и развития миссионерской работы в регионе. После обсуждения Священный Синод решил создать духовную семинарию в городе Хабаровске, а ректором семинарии назначить архиепископа Хабаровского и Приамурского Марка. Попечительский совет по строительству семинарии возглавил губернатор Хабаровского края.
В учреждении Хабаровской духовной семинарии есть одна исключительная особенность. Это первый случай в новейшей истории российского духовного образования, когда семинария учреждается по непосредственному предложению Предстоятеля Церкви.
1 сентября 2005 года в новообразованной семинарии начались учебные занятия.
Молебен перед закладкой семинарского комплекса был совершен 20 октября 2005 года. Строительство Хабаровской духовной семинарии проходило в два этапа: учебно-административный корпус и здание домового храма ввели в эксплуатацию 20 октября 2006 года, общежитие — 20 октября 2007 года. До переезда в новопостроенное здание семинаристы жили и учились на территории хабаровского собора Рождества Христова.
Главное место в жизни нашей школы отводится богослужению и молитве. Именно поэтому семинарский домовый храм в честь святителя Иннокентия (Вениаминова) называют ее сердцем. Освящение храма Хабаровской духовной семинарии было совершено 30 мая 2007 года. Чин освящения и первую Божественную литургию совершил архиепископ Владивостокский и Приморский Вениамин, которому сослужили председатель Учебного комитета Русской Православной Церкви ректор Московской духовной академии архиепископ Верейский Евгений, ректор Хабаровской семинарии архиепископ Хабаровский и Приамурский Марк, епископ Якутский и Ленский Зосима.
В 2011 году Ректором семинарии стал архиепископ (ныне — митрополит) Игнатий (Пологрудов)
В 2016 году Хабаровскую духовную семинарию возглавил митрополит Владимир (Самохин).
C 30 августа 2019 года по настоящее время Ректором Хабаровской духовной семинарии является игумен Пантелеимон (Бердников).
