Домовый храм
Сердцем семинарии является ее храм. Храм Хабаровской духовной семинарии освящен в честь святителя Иннокентия (Вениаминова), апостола Дальнего Востока и Северной Америки. В храме по воскресеньям и праздникам совершается Божественная литургия, а по средам проводится молебен с акафистом перед чтимым списком иконы Богородицы «Скоропослушница». На время богослужения храм открыт для всех желающих.
Иконы для иконостаса домового храма были написаны насельницами женского монастыря святых апостолов Петра и Павла Хабаровской епархии. Росписи храма по приглашению руководства семинарии выполнили выпускники иконописной школы при Московской духовной академии и художники города Хабаровска. Помощь при росписи храма оказывали и студенты семинарии.
Главными святынями храма являются ковчег с частицей Животворящего Древа Креста Господня, частицами мощей святых апостолов Петра, Павла, Иакова Зеведеева и святой равноапостольной Марии Магдалины, а также афонский список чудотворной иконы Божией матери «Скоропослушница», Святыни были переданы святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II в 2008 году в дар Дальнему Востоку в честь празднования 150-летнего юбилея подписания Айгунского договора, определившего границу Китая и России по Амуру.
Храм украшен большим количеством икон, многие из которых имеют мощевики с частицами мощей святых, переданные в разное время в дар семинарии. Среди них образы преподобного Иоанна Рыльского с частицей мощей, привезенной из Болгарии епископом Величским Сионием, икона святителя Николая Японского, частицу мощей которого привез из Японии епископ Сендайский Серафим, икона благоверного князя Александра Невского с частицей мощей, переданной митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Владимиром и другие.